Si Nefertiti hubiera sido una hija/nieta de Yuya y Tuya, y no completamente de sangre egipcia, esto habría encolerizado aún más a los sacerdotes de Amón. Sin tener en cuenta su linaje, la enemistad entre Amenhotep IV y la autoridad religiosa se había convertido en extrema y posiblemente sería ahora irreconciliable. Tras cinco años en la corregencia, Amenhotep IV cambió su nombre por el de Akhenaton, y dejó Tebas para establecer una nueva capital egipcia, a la que llamó Akhet-Atón, que significa el lugar de descanso u horizonte de Atón. El cambio de su nombre indicaba que ya no se consideraba el hijo del dios Amón, sino el de Atón. En los monumentos que marcaban las cuatro esquinas de la nueva ciudad, Akhenaton se refirió a las odiosas palabras dichas sobre él y sus antepasados por parte de los sacerdotes de Amón. Obviamente, había esperado que la ciudad de Akhet-Atón también fuera su lugar de descanso.

En la ciudad de Akhet-Atón, la antigua religión del Atón recibió una renovación.El diseño del templo de Atón, su ritual, y su simbolismo, representado por un halcón con cabeza de hombre y un disco solar denominado Re-Herakhty, provenían originalmente del dios solar tradicional Ra, cuyo centro de culto había estado desde tiempos muy antiguos en Menfis y On (Heliópolis). A finales de la corregencia, el hombre-halcón fue eliminado del simbolismo de Atón. El Atón se había convertido esencialmente en un dios sin imagen humana o animal. En la ciudad de Akhet-Atón, la antigua religión del Atón recibió una renovación.

El diseño del templo de Atón, su ritual, y su simbolismo, representado por un halcón con cabeza de hombre y un disco solar denominado Re-Herakhty, provenían originalmente del dios solar tradicional Ra, cuyo centro de culto había estado desde tiempos muy antiguos en Menfis y On (Heliópolis). A finales de la corregencia, el hombre-halcón fue eliminado del simbolismo de Atón. El Atón se había convertido esencialmente en un dios sin imagen humana o animal. Se consideraba ahora que el disco solar era la única representación física del dios invisible y eterno, Ra, y una deidad en su propio derecho. El disco solar fue usado después por los reyes de Judá como un sello real "lamelek". Los cartuchos del dios y padre celestial de Akhenaton, Atón, originaron el nombre de Imram. En la Biblia, Moisés es llamado el hijo de Amram, su equivalente hebreo.

El nombre de la deidad egipcia Atón se transcribe al hebreo como el término Adón. Adón, que se traduce en las biblias como "el Señor" y también Adonai, traducido como "mi Señor", se utiliza junto con Yahvé (Yhwh) en la Biblia como los nombres personales exclusivos de Dios. Es más, en tiempos antiguos, el nombre de Yahvé (Yhwh) era escrito, pero nunca pronunciado. Siempre que el nombre escrito de Yahvé (Yhwh) tenía que ser leído en voz alta, se decía en cambio Adón (Atón). La forma escrita de Adón es poco frecuente, sin embargo, su limitado uso es significativo, especialmente en los primeros seis libros de la Biblia, en donde se reserva exclusivamente para las aplicaciones siguientes: Moisés se dirige a Dios usando el título de Adón/Atón (Éxodo 4:10,13; 5:22; 34:9; Números 14:17; Deuteronomio 3:23; 7:26; 10:17); a Moisés se le dirigen Aarón (Éx.32:22; Núm.12:11) y Josué (Números 11:28) usando el título de Adón/Atón; y Josué también se dirige a Dios usando el título de Adón/Atón (Josué 5:14 b; 7:7). Como se menciona arriba, hay una relación establecida entre la literatura de la XVIII Dinastía egipcia y la Biblia. El Salmo 104 es un embellecimiento del Himno de Atón, el cual fue encontrado por los arqueólogos en la ciudad de Akhet-Atón.

Las reformas religiosas de Akhenaton incluían el rechazo de la magia egipcia tradicional y la astrología asociadas al culto de Amón, y el rechazo del culto de Osiris con su versión de creencia en el juicio eterno y también la vida después de la muerte. El lugar elegido para la nueva capital de Egipto demostraba el deseo de Akhenaton de establecer un nuevo equilibrio que localizó en el centro geográfico exacto del país. La inhóspitamente caliente y árida meseta olvidada por el Nilo y en la que fue construida la ciudad de Akhet-Atón no estaba ocupada en ese momento, ni lo sería de nuevo después del final de la XVIII Dinastía. La austeridad del emplazamiento no era ningún impedimento para Akhenaton, y construyó rápidamente allí una magnífica ciudad. La construcción de piedra acabada de la antigua ciudad fue sustraída para ser utilizada en otros proyectos de construcción poco después del final de la XVIII Dinastía, sin embargo el sitio nunca fue reocupado otra vez y permaneció en su mayor parte tranquilo hasta el momento de su excavación hace aproximadamente cien años. Los archivos que contenían la correspondencia política de Akhenaton, conocidos como las cartas de Amarna, no fueron sustraídos y han proporcionado una gran cantidad de información sobre los reinados de Akhenaton y de su padre Amenhotep III.